Die Sonderausstellung „Der See – Entstehung. Gestalt. Nutzung“ setzt sich inhaltlich mit folgenden Themen auseinander:

Entstehung und Alter:
Als westlichster Steppensee Europas hat er eine interessante geologische Entstehungsgeschichte. In einem geologischen Abschnitt wird auf
Entstehung und Alter des Sees sowie auf neueste Erkenntnisse über den Seeboden, Thermal- und Mineralwässer sowie Gase im See eingegangen.

Größe und Gestalt:
Anhand historischer Karten wird gezeigt, dass der Neusiedler See immer wieder seine Größe und Gestalt änderte. Seine Ausdehnung reichte dabei mehrmals von der vollkommenen Austrocknung bis zu Überflutungen weiter Uferflächen bei steigendem Wasserstand.

Besiedlung:
Diese schwankende Größe führte auch dazu, dass im Laufe der menschlichen Besiedlung, die seit etwa 8500 Jahren nachweisbar ist, immer wieder Siedlungen verlegt oder aufgegeben werden mussten. Archäologische Funde geben Aufschlüsse über den Siedlungsraum.

Das „Bild“ vom See:
Die unterschiedlichen Wasserstände beeinflussten auch das Aussehen des Sees und damit seinen Eindruck auf die Betrachter. Damit können die Wahrnehmung des Sees und seines Umlandes von Reisenden und Künstlern in Reiseberichten und Kunstwerken im Verlauf der letzten Jahrhunderte erklärt werden, die von „unansehnlicher Lacke“ bis zur Großartigkeit der „unendlichen Wasserfläche“ reichen.

Nutzung und Ausbeutung:
Aber nicht nur das Aussehen, auch die Nutzung durch die hier lebenden Menschen änderte sich mit den wechselnden Wasserständen. So folgten etwa Jahren mit reichem Fischbestand, der natürlich als Nahrungsquelle benutzt wurde, solche, in welchen kaum Fische vorhanden waren. Auch der Schilfbestand und damit die Verwertung des Rohres waren starken Schwankungen unterworfen.

Tourismus und Natur:
Nach 1921 nutzte man den See allmählich für den Tourismus. Sport und Kultur werden seitdem ebenso mit dem See verbunden wie Wein und Kulinarik. Aber auch die einzigartige Flora und Fauna wurde entdeckt und ihre Gefährdung erkannt. Eine Zeit lang drohte die landwirtschaftliche und touristische Nutzung das sensible ökologische Gleichgewicht zu stören.

Gescheite und gescheiterte Projekte:
Die seit dem Ende des 19. Jahrhunderts mehrmals angestellten Überlegungen einer künstlichen Trockenlegung einerseits, sowie Pläne der Nutzung als Speicher eines Kraftwerks anderseits, führten sogar zur Planung einer Brücke von Mörbisch nach Illmitz.